中国耳鼻咽喉头颈外科 ›› 2023, Vol. 30 ›› Issue (12): 781-.

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基于GEO数据集分析嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的潜在诊断基因

  

  • 出版日期:2023-12-28 发布日期:2024-01-23

  • Online:2023-12-28 Published:2024-01-23

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摘要： 目的　本研究利用GEO数据库中的RNA测序（RNA sequencing，RNA-seq）数据，筛选出对嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉（eosinophilic chronic rhinosinusitis with nasal polyps，ECRSwNP）具有潜在诊断价值的基因。方法　共获得3个数据集数据，分别根据CST1和CLC基因的表达水平将样本分为ECRSwNP和非嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉（nonECRSwNP）两组。使用R软件及算法建立ECRSwNP的诊断模型并检测其性能。结果　将每个数据集均分为两组GSE136825（ECRSwNP 7、nonECRSwNP 19），GSE72713（ECRSwNP 3、nonECRSwN 3），GSE179265（ECRSwNP 11、nonECRSwNP 2）。基于支持向量机（support vector machine，SVM）算法构建的上调基因模型（ADH1C、CCL26、HRH1、NOS2）和下调基因模型（LCN2、MUC5B、PLAT、TMEM45A、XDH）的ECRSwNP诊断性能表现出色。结论　基于SVM模型鉴定出的基因可能成为无创诊断ECRSwNP的生物学标志物，也可能在ECRSwNP发病机制中扮演关键角色。

关键词: 嗜酸细胞, 鼻窦炎, 基因组学, 数据库, 嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉, 非嗜酸性粒细胞型慢性鼻窦炎伴鼻息肉, 转录组学, GEO数据库, 诊断模型